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Centre Hospitalo-Universitaire Ibn Rochd

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Diagnostic de la Covid-19 au niveau des laboratoires du CHUIR

Dès la confirmation du premier cas de COVID-19 au Maroc, et l’adoption du plan national de veille et de riposte dont l’un des objectifs est la détection précoce des cas pour contenir la propagation du virus, les laboratoires du CHU Ibn Rochd de Casablanca se sont mobilisés pour accompagner cette stratégie. La RT-PCR étant la technique de référence ou Gold Standard pour le dépistage et le suivi des cas d’infection par le SARS-CoV-2, la mise en place d’une unité de biologie moléculaire dédiée à cette activité au niveau du CHU devenait une nécessité absolue.

La nouvelle unité de diagnostic virologique de la COVID-19 par RT-PCR a été aménagée au sein du laboratoire de bactériologie –virologie et hygiène du CHU et fut officiellement inaugurée le 17 avril 2020. Les travaux d’aménagement ont été effectués en collaboration avec les partenaires du CHUIR.

Cette nouvelle unité a été conçue pour répondre non seulement aux normes spécifiques de manipulations de produits infectieux critiques, mais aussi aux normes techniques de la biologie moléculaire ; à savoir avec 4 zones séparées et identifiées respectant le flux unidirectionnel dit de la « marche en avant ». La salle d’extraction a été équipée d’un poste de sécurité microbiologie de classe II (PSMII) certifié, d’un automate d’extraction et d’un Combiné frigorifique. Elle est séparée du reste du laboratoire par un sas avec zone d’habillage – déshabillage et équipé d’un lavabo avec robinet à pédale. Un second sas donne sur deux salles séparées communiquant uniquement par un passe plat : la salle du Mix pour la préparation des réactifs et sur la salle de dépôt des échantillons. Enfin la quatrième salle est dédiée aux automates d’amplification pour la réalisation et l’interprétation des PCR proprement dite.

L’activité diagnostic virologique de la COVID-19 au CHU Ibn Rochd de Casablanca a commencé très tôt, dès la 3ème semaine du mois de mars avec la réalisation de tests RT-PCR pour les patients suspects hospitalisés. Les prélèvements dupliqués ont été analysés en parallèle au laboratoire de virologie de l’institut Pasteur afin de valider le processus. Le 30 mars 2020 notre laboratoire a enregistré son premier diagnostic positif et devenait le premier CHU à réaliser le diagnostic de la COVID-19 par RT-PCR.

Au cours du premier mois de fonctionnement, l’unité a fonctionné avec un seul automate d’extraction et un thermocycleur : ces équipements étaient ceux utilisés auparavant par le laboratoire pour la réalisation des PCR diagnostic pour d’autres pathologies comme les méningites bactériennes, la tuberculose ou les infections virales chez les patients transplantés et/ou immunodéprimés. Mais très rapidement ces équipements se sont révélés insuffisants pour répondre au rythme des demandes et le laboratoire a été doté par le ministère de la Santé d’autres automates d’extraction et d’amplification.

À partir du 21 avril, le laboratoire a intégré le réseau des laboratoires publics pour le diagnostic de la COVID-19 et commençait à réceptionner et analyser les échantillons biologiques de la région de Casablanca-Settat à côté de l’institut pasteur du Maroc (IPM). La cadence des tests s’est alors accélérée de façon exponentielle au cours des semaines suivantes pour atteindre des pics de 1500 tests par jour au cours du mois de juin.

Ainsi, au 31 août 2020, le laboratoire disposait au total de 4 automates d’extraction permettant de traiter 112 échantillons par heure et 3 thermocycleurs chacun pouvant analyser 90 échantillons en 90 à 120 mn.

Sur le plan de biosécurité, les laboratoires du CHUIR ont été dotés d’équipements nécessaires pour assurer la protection du personnel et de l’environnement des risques infectieux dus aux aérosols produits pendant la manipulation des échantillons biologiques à risque, à savoir de PSMII, centrifugeuses équipées de nacelles étanches et d’autoclaves pour la désinfection des déchets issus des activités COVID-19 avant leur élimination. D’autre part, le personnel a bénéficié de séances de sensibilisation et de formation à la biosécurité et à l’utilisation des équipements de protection individuelle (EPI).